Juhani Ahon museon tarkoituksena on toimia Ahoon liittyvän kulttuuriperinnön vaalimiseksi ja säilyttämiseksi. Museo on perustettu vuonna 1958 painopisteenään Juhani Aho ja pappilakulttuuri ja ympäristönä sillä toimii Koljonvirran sotahistoriallinen alue. Museon toiminta pohjautuu museon aineistoihin ja kokoelmiin. Päämääriensä tavoittamiseksi museo harjoittaa kulttuuriperinnön tallettamista, näyttelytoimintaa ja muuta yleisötyötä, opetus- ja kasvatustoimintaa sekä tutkimus- ja julkaisutoimintaa. Museon omistajana toimii Iisalmen kaupunki ja sen toimintaa hallinnoi kaupungin sivistys- ja hyvinvointilautakunta.
Juhani Ahon museolla on kolmitahoinen rooli paikallisena kulttuurihistoriallisena museona. Se toimii Juhani Ahon kirjailijamuseona, kulttuurihistoriallisena pappilamuseona sekä sotahistoriallisena paikallismuseona liittyen Suomen sodan aikaiseen Koljonvirran taisteluun. Museon kokoelmatyö painottuu ensisijaisesti Juhani Ahoon ja tämän perheeseen, toissijaisesti Iisalmen pappilaan ja pappilakulttuuriin ja kolmanneksi Koljonvirran taisteluun. Museon kokoelmatehtävänä on kerätä, tallettaa, säilyttää ja esittää paikallista aihealueensa aineellista ja aineetonta kulttuuriperintöä museo-objektien ja arkistomateriaalin muodossa sekä toteuttaa ja edistää aihealueeseensa ja kokoelmiinsa liittyvää tutkimusta ja julkaisutoimintaa. Museo-objektilla tarkoitetaan mitä tahansa objektia, jonka nähdään kuvastavan aikaansa ja sen säilyttäminen nähdään kulttuuriperinnön tallettamisen kannalta olennaisena. Objektista tulee museo-objekti, kun se talletetaan, luetteloidaan ja dokumentoidaan museon kokoelmiin. Objekteihin kuuluvat esine-, taide-, tekstiili-, valokuva-, arkisto- ja kirja-aineistot ja rakennukset sekä tallenteet, nauhoitteet, haastattelumateriaali ja muut aineettoman kulttuuriperinnön objektit.
Juhani Ahon museon primäärinen objektien tallennusalue sijoittuu aikavälille 1830-1929 Juhanin isän Theodor Brofeldtin syntymävuosikymmeneltä Juhani Ahon kuolinvuosikymmenelle painottaen Juhanin lapsuuden aikaa ja Theodorin kappalais- ja rovastiaikaa Iisalmessa. Aiheellisesti tallennusalue koskee Juhani Ahon, tämän sisarusten ja vanhempien esineistöä, kirjailijanvälineitä ja kappalaispappiloiden tavaroita. Alueellisesti tallennusalueena toimii Iisalmi, painotuksena Mansikkaniemi. Sekundäärinen tallennusalue sijoittuu aikavälille 1808-1809 koskien Suomen sotaa, jolloin alueellisena ja aiheellisena tallennusalueena on Koljonvirran taistelu.
Kirkkohistoriallinen ja yleinen pappila-aineisto ohjataan ensisijaisesti muihin soveltuviin alan museoihin.
Juhanin perhe-elämää Venny Soldanin kanssa koskeva aineisto ja Venny ja Tilly Soldanista kertova aineisto, etenkin taiteellinen aineisto, voidaan harkinnanvaraisesti ohjata myös Järvenpään Ahola-museoon tai Järvenpään taidemuseoon.