Koljonvirran alue Iisalmen vanhan kirkon läheisyydessä on asutukseltaan pitäjän vanhinta. Koljonvirralla on asuttu yli 500 vuotta aluksi maakuopissa, sitten savupirteissä ja sen jälkeen ”uloslämpenevissä” maalaistalossa. Mikael Agricolan v. 1549 Savoon tekemä tarkastusmatka johti Pohjois-Savon muodostamiseen omaksi kirkkopitäjäkseen. Pappilan perustamisen seurauksena kolme talonpoikaa joutui muuttamaan Kuopionniemeltä. Korvaukseksi kruunu antoi heille maata Iisalmesta. Lauri Laurinpoika Koljonen asettui asumaan Poroveden ja Iijärven välissä olevan virran niskalle, jossa sijaitsi Koljosen perheen eräsija. Uudistalolle annettiin nimi Koljonvirta omistajan sukunimen mukaan. Tila jaettiin myöhemmin kahtia: Koljoon ja Virtaan. Koljoset, Niskaset, Kauppiset, Nissiset, Tossavaiset ja nykyisin Iisalmen kaupunki ovat olleet Virran, sittemmin Kauppilan ja nykyisin Koljonvirran Kartanon omistajia.
Kulku Koljonvirralla vilkastui Kuningas Kustaa III antaessa käskyn vuonna 1776 rakentaa maantie Kuopiosta Iisalmen kautta Ouluun. Työhön liittyi myös sillan rakentaminen Koljonvirran yläjuoksulle. Suomen sodan jälkeen Koljonvirran väliaikainen silta korvattiin hirsiarkkusillalla. Sitä uusittiin ilmeisesti kahdessa vaiheessa, 1850-luvulla ja 1800-luvun loppupuolella. Lahon ja huonokuntoisen puusillan tilalle rakennettiin vuonna 1929 uusi teräsbetoninen ulokepalkkisilta. Vuonna 1971 valmistui paikalle nykyinen teräsbetoninen ontelolaattasilta.
Tie toi tullessaan Koljonvirralle niin sodan kuin lukuiset rauhan ajan vieraat. Tiellä kerrotaan liikkuneen 1800-luvun alussa venäläisen kauppiaan, joka tanssitti ja maalasi naisia. Samalla tämä ”vakooja” maalasi muun muassa Koljonvirran sillan. Sama kauppias palveli myöhemmin Koljonvirralla kapteenina Tutschkovin adjutanttina. Koljonvirran tilalla vieraili myös puhujamatkoillaan herännäisjohtaja Paavo Ruotsalainen. Kansantieto kertoo myös tarinaa Koljonvirran itäpuolella 1900-luvun alussa asuneesta kylätietäjästä, Dunderin mummosta, joka näki ihmisten kohtalot tuhkasta ennustamalla. Virrassa sijaitsevan Pänninsaaren kerrotaan toimineen aikojen saatossa myös uhripaikkana.
Koljonvirran alueella, kirkon ja pappilan läheisyydessä oli 1800-luvun alussa useita isoja maatiloja torppineen. Kuopion ja Oulun välinen maantie kulki alueen halki. Koljonvirran taistelujen melskeissä paloivat kaikki läheiset talot: Kauppila, Kaarakkala ja Linna. Kauppilan isäntä näki Iimäen piilopirttiinsä asti, kuinka tuli leimusi Virran seudulla lokakuisena syysiltana. Virran tilan isäntänä oli Suomen sodan aikaan Kauppinen, joka oli valistunut talonpoika. Hän jopa lähetti taistelussa tuhoutuneesta omaisuudestaan valituslistan keisarin hallinnolle. Listan mukaan taistelussa tuhoutuivat tai hävisivät muun muassa hopealusikat ja flyygeli, joka oli siihen aikaan harvinainen talonpoikaistalossa. Nykyinen Koljonvirran päärakennus on järjestyksessään kolmas. Ensimmäinen tuhoutui Suomen sodan taisteluissa ja toinen tuhoutui poikien tupakanpoltosta alkunsa saaneen palon seurauksena vuonna 1894. Nykyinen kartano on rakennettu 1898.
Suomen sodan aikaisista rakennuksista on enää jäljellä vain aittarakennus, jonka seinissä on vielä nähtävissä ammuksien jättämiä jälkiä. Sodan jälkeen aitassa kerrotaan asustaneen kaikki lähialueen kolme perhettä, ennen uusien rakennusten valmistumista. Aitta siirrettiin 1940-luvulla virran toiselle puolelle Mansikkaniemelle, Juhani Ahon museon pihapiiriin.