Vuosina 2021-2025 Iisalmen kaupungin ylintä päätösvaltaa käyttää 43-jäseninen kaupunginvaltuusto, jonka jäsenet valitaan joka neljäs vuosi järjestettävillä kuntavaaleilla. Kaupunginvaltuusto päättää mm. kaupungin talouden ja rahoituksen perusteista sekä kaupungin hallinnon rakenteesta. Valtuusto valitsee luottamushenkilöt kaupunginhallitukseen ja lautakuntiin.
11-jäseninen kaupunginhallitus huolehtii kaupungin johtamisesta ja kehittämisestä valtuuston asettamien tavoitteiden, suunnitelmien ja päätösten mukaisesti. Hallituksella on keskeisiä hallinnollisia tehtäviä ja velvollisuuksia. Se valmistelee valtuuston tekemät asiat, panee ne täytäntöön ja valvoo valtuuston päätösten lainmukaisuutta. Kaupunginhallitus huolehtii myös kaupungin yleisestä kehittämisestä, valvoo viranhaltijoiden toimintaa ja kaupungin taloushallintaa sekä antaa ohjeita kaupungin määräysvallassa olevien yhtiöiden ja kuntayhtymien toiminnasta.
Lautakuntia valtuustokaudella 2021-2025 on yhteensä kuusi: keskusvaalilautakunta, tarkastuslautakunta, sivistys- ja hyvinvointilautakunta, tekninen lautakunta ja Iisalmen Vesiliikelaitoksen johtokunta, maaseutuhallinnon yhteislautakunta ja Ylä-Savon alueellinen jätehuoltolautakunta. Teknisellä lautakunnalla on myös tekninenjaosto ja sivistys- ja hyvinvointilautakunnalla hyvinvointijaosto. Lautakunnan tehtävänä on huolehtia toimialansa kehittämisestä sekä ohjata sen suunnittelua ja toteutusta.
Lisäksi Iisalmen kaupungilla on edustajia kuntayhtymien tms. luottamuselimissä.
Iisalmen kaupunginjohtaja on Jarmo Ronkainen.
Kunnalliseen päätöksentekorakenteeseen kuuluvat edellä esitettyjen päätöksenteko-organisaatioiden lisäksi monet muut, niin kunnan sisäiset kuin ulkoiset, vaikuttajat. Vaikuttajina voivat olla erilaiset yhdistykset, painostusryhmät, joukkotiedotusvälineet, valtion viranomaiset sekä kansainväliset järjestöt ja sopimukset.